قال الصادق (ع): جعل الخیر کله فی بیت و جعل مفتاحه الزهد فی الدنیا
امام جعفر صادق (ع) : همه خیر در خانه ای نهاده شده و کلیدش را زهد و بی رغبتی به دنیا قرار داده اند .
اصول کافی ، ج ۳ ، ص ۱۹۴

حضرت صادق (علیه السلام) در ماه شوال سال یکصد و چهل وهشت به سبب انگور زهر آلوده که منصور به آن حضرت خورانیده بود، وفات کرد و به شهادت رسید.
در وقت شهادت از سن مبارکش شصت و پنج سال گذشته بود. در کتابهای معتبر معین نکرده‌اند که کدام روز از شوال بوده است ولی صاحب کتاب جنات الخلود که محقق ماهریست بیست و پنجم آن ماه را گفته و بقولی دوشنبه نیمه رجب بوده. و از مشکوة الأنوار نقل شده است که مردی از اصحاب آن حضرت، در زمان بیماری امام (که منجر به وفات آن حضرت گردید)، نزد ایشان رفت، آن حضرت را چنان لاغر و ضعیف یافت که گویا هیچ چیز از آن بزرگوار جز سر نازنیش باقی نمانده است، پس آن مرد از این حالت امام به گریه درآمد.
حضرت فرمود: برای چه گریه می‌کنی؟ گفت گریه نکنم با آنکه شما را به این حال می‌بینم. فرمود: گریه نکن، همانا مؤمن به گونه‌ای است که هر چه براو وارد شود خیر اواست واگراعضای او بریده شود، برای او خیر است واگر مالک مشرق ومغرب نیزشود برای اوخیراست.
شیخ طوسی ازسالمه، کنیز حضرت صادق (علیه السلام) روایت کرده که گفت، من در وقت احتضار نزد حضرت صادق (علیه السلام) بودم که بیهوش شد و چون به هوش آمد فرمود: به حسن بن علی بن علی بن الحسین بن علی بن ابیطالب (علیه السلام) معروف به افطس، هفتاد سکه طلا بدهید به فلان وفلان، فلان مقدار بدهید، من گفتم: به مردی که برتو با کارد حمله کرد و می‌خواست ترا بکشد، عطا می‌کنی ومی بخشی؟ فرمود: می‌خواهی من ازآن کسانی که خدا ایشان را به صله رحم کردن ستایش نموده، نباشم. که در وصف ایشان فرموده: وَالَّذِین َ یَصِلُونَ ما اَمَرَ اللهُ بِهِ اَن یُوصَلَ وَیَخشَونَ رَبَهُّم وَیَخافُونَ سُوءَ الحِسَابِ.
و آنانکه پیوندهائی را که خداوند به آن امر کرده برقرار می‌نمایند (صله رحم می‌کنند) و از خدایشان می‌ترسند و از محاسبه بدفرجام بیمناکند.
پس فرمود:‌ای سالمه بدرستی که حق تعالی بهشت را خلق کرد و آنرا خوشبو گردانید و بوی مطبوع آن از فاصله‌ای به مسافت دو هزار سال به مشام می‌رسد و بوی آنرا کسی که عاق والدین شده و کسی که ارتباط خود را با خویشاوندان و رحم خود قطع نموده نمی‌شنود و در نمی‌یابد.
شیخ کلینی از امام موسی کاظم (علیه السلام) روایت کرده است که گفت: پدر بزرگوار خود را در دو جامه سفید مصری که در آن‌ها احرام می‌بست و در پیراهنی که می‌پوشید و درعمامه‌ای که از امام زین العابدین (علیه السلام) به او رسیده بود و در بُرد یَمَنی که به چهل دینار طلا خریده بود کفن کردم.
و همچنین روایت کرده است که بعد از وفات حضرت صادق (علیه السلام) حضرت امام موسی کاظم (علیه السلام) می‌فرمود: که هر شب در حجره‌ای که آن حضرت در آن حجره وفات یافته بود چراغ بر افروزند. و شیخ صدوق از ابوبصیر روایت کرده است که گفت: خدمت امّ حمیده امّ ولد، همسر حضرت صادق (علیه السلام) برای تسلیت گوئی مشرف شدم پس او گریست و من نیز به جهت گریه او گریستم. پس از آن فرمود:‌ای ابو محمد اگر حضرت صادق (علیه السلام) را در وقت فوت می‌دیدی، همانا امر عجیبی را مشاهده می‌کردی. چشمهای خود را گشود و گفت: هرکسی که بین من و او قرابت وخویشی است، به نزد من بیاورید.
پس ما همه خویشان را به نزد او آوردیم، آن حضرت نگاهی به سوی آن‌ها انداخت و فرمود:
اِنَّ شَفاعَتَنالا تَنالُ مُستَخِفّاً بِالصَّلوةِ. شفاعت ما به کسی که نماز را سبک بشمارد نمی‌رسد.
مسعودی گفته که آن حضرت را در بقیع نزد پدر و جدش دفن کردند و سن آن حضرت شصت و پنج سال بود.

و گفته شده که آن حضرت را زهر دادند و در قبور ایشان در آن موضع از بقیع، سنگ مرمری است که بر آن نوشته‌اند:
بِسمِ اللهِ الرَّحمَنِ الرَّحِیمِ اَلحَمدُ لِلّهِ مُبیدِ الاُمَمِ وَمُحیی الرِّمَمِ هَذَا قَبرُ فَاطِمَةِ بِنتِ رَسُولِ اللهِ صَلَّی اللهُ عَلَیهِ وَاِلِه وَسَلَّمَ سَیِّدَةِ نِساءِالعَالَمینَ وَقَبرُ الحَسَنِ بنِ عَلَیِّ بنِ اَبیطالبٍ وَعَلیِّ بنِ الحُسینِ بنِ عَلِیِّ بنِ اَبیطالبٍ وَمُحَمَّدٍ بنِ عَلیٍّ وَجَعفرَ بنِ مُحَمَّدٍ رضِیِ اللهُ عَنهُم، انتهی و من می‌گویم صَلَواتُ اللهِ عَلَیهم اَجمعَین.
در تاریخ آمده که قبر امیرالمؤمنین (علیه السلام) از زمان وفاتش تا زمان حضرت امام صادق (علیه السلام) پنهان و مخفی بود و کسی جز اولاد و اهل بیت آن حضرت از محل آن اطلاعی نداشت.
امام زین العابدین وامام محمد باقر (علیه السلام) مکرر بزیارتش می‌رفتند و بسیاری از اوقات کسی همراه آن‌ها نبود، ولی در زمان حضرت صادق (علیه السلام)، شیعیان قبر آن حضرت را شناختند و به زیارتش مشرف می‌شدند. سببش آن بود که حضرت صادق (علیه السلام) در روزگاری که در حِیره بود، مکرر بزیارت آن قبر شریف می‌رفت و غالباً بعضی از اصحاب خاص و ممتاز خود را همراه می‌برد و مدفن امیرالمؤمنین (علیه السلام) را به ایشان نشان می‌داد تا اینکه در دوران خلافت هارون رشید که یک باره قبر مبارک ظاهر شد و زیارتگاه همه اقشار مردم گشت.
روایت شده است که فردی به نام ابوجعفر پیک رسان اهل خراسان بود، جمعیتی از اهل خراسان نزد او آمدند و از او درخواست کردند، حمل اموال و کالاهائی را که باید به دست حضرت صادق (علیه السلام) برسد برعهده بگیرد و آن‌ها را با خود نزد حضرت ببرد و همچنین مسائلی که نیاز به نظر خواهی بود، به آن حضرت انتقال دهد و نظر ایشان را جویا شود.
ابوجعفر آن اموال را با خود به کوفه برد، در آنجا منزل کرد و به زیارت قبر امیرالمؤمنین (علیه السلام) رفت. درکنار قبر شیخی را دید که جماعتی دور او حلقه زده‌اند. همینکه از زیارت خود فارغ شد، به طرف ایشان رفت و فهمید که آن‌ها از فقهای شیعه هستند و از آن شیخ فقه می‌آموزند.
از آن گروه پرسید که این شیخ کیست؟ گفتند ابوحمزه ثمالی است و بعد نزد آن‌ها نشست.
ابوجعفر، آن مرد خراسانی می‌گوید: دراین بین که ما نشسته بودیم مردی عرب، وارد شد و گفت:
من از مدینه می‌آیم وجعفربن محمد (علیه السلام) وفات کرد ابوحمزه ازشنیدن این خبر، دراثر وحشتی که به او دست داده بود فریادی کشید و دو دست خود را بر زمین زد. سپس از آن مردعرب پرسید که آیا شنیدی چه کسی را وصی و جانشین خویش کرد؟
گفت: وصی خود را دو پسرش عبدالله و موسی (علیه السلام) و منصور خلیفه عباسی را قرار داد. ابوحمزه گفت: سپاس خدا را که ما را هدایت نمود و نگذاشت که گمراه شویم!
دَلَّ عَلَی الصًّغیر وَبَیَّنَ عَلَی الکَبیر وَسَتَرَ الاَمَرَ العظیم.
پس ابوحمزه نزد قبر امیرالمؤمنین (علیه السلام) رفت و مشغول به نماز شد. ما نیز مشغول به نماز شدیم. سپس من نزد او رفتم وگفتم: این چند کلمه‌ای که گفتی برای من تفسیر کن.
و او نیز کلام خود را چنین تفسیر نمود:
آشکار است که تعیین منصور به عنوان وصی برای تقیه می‌باشد که وصی او را بقتل نرساند و فرزند کوچک که امام موسی (علیه السلام) است با فرزند بزرگ‌تر که عبدالله است ذکر کرد تا مردم بدانند که عبدالله قابلیت امامت را ندارد، زیرا که اگر فرزند بزرگ نقصی در بدن و دین نداشته باشد، بایستی که او امام باشد و عبدالله پایش مانند فیل پهن بود و پنجه نداشت و دینش نیز ناقص بود و به احکام شریعت جاهل بود و اگر این نواقص را نمی‌داشت به او اکتفا می‌کرد. پس از این تفسیر دانستم که حضرت موسی بن جعفر (علیه السلام) امام بر حق است ومعرفی آن چند نفر به عنوان وصی تنها برای حفظ امام بعدی از شرّ منصور و از روی مصلحت بوده است.
شیخ کلینی و شیخ طوسی و ابن شهر آشوب از ابو ایوب جوزی روایت کرده‌اند که گفت: نیمه‌های شبی منصور دوانیقی مرا طلبید، به حضورش رفتم، دیدم روی صندلی نشسته و در کنارش شمعی روشن است و نامه‌ای درد ست دارد و می‌خواند، وقتی به او سلام کردم، آن نامه را به طرف من انداخت و گریه کرد و گفت این نامه محمدبن سلیمان (والی مدینه) است که نوشته، جعفر بن محمد (علیه السلام) وفات نموده است سپس سه بار گفت: اِنُّا لِلُهِ وَاِنَّا اِلَیهِ راجِعُونَ. وگفت: کجا مانند جعفر (علیه السلام) یافت می‌شود؟ سپس گفت: برای محمد بن سلیمان بنویس که اگر به شخص معینی وصیت کرده، او را احضار کن و گردنش را بزن. بعد از چند روز جواب نامه رسید که پنچ نفر را وصی خود قرار داده است. خلیفه (خود منصور) ومحمد بن سلیمان والی مدینه و دو پسر خود عبدالله و موسی (علیه السلام) و حمیده مادر موسی (علیه السلام).
چون منصور نامه را خواند گفت: این‌ها را نمی‌توان کشت.
علامه مجلسی (ره) گفته است که چون حضرت به علم امامت، می‌دانست که منصور چنین تصمیمی خواهد گرفت، آن افراد را بحسب ظاهر در وصیت شریک کرده بود که اول هم نام منصور را نوشته بود و در باطن امام موسی کاظم (علیه السلام) را به عنوان وصی انتخاب نموده بود. و از این وصیت نیز اهل علم می‌دانستند که وصایت و امامت مخصوص آن حضرت است چنانچه از روایت ابوحمزه که گذشت معلوم گشت.